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游离核酸抽提方法选择

版权所有,转载请联系基因市场部
2019-03-20

人体细胞在凋亡的过程中,DNA断裂并分泌至细胞外。健康细胞,胎儿细胞,肿瘤细胞以及移植的细胞都可以通过这种方式释放游离DNA至血液中。

随着液体活检技术的不断发展,对这些的游离核酸检测有望成为替代组织活检的重要方法。大家比较熟悉的游离核酸检测手段有定量PCRNGS等传统方法和正在迅猛发展的数字PCR

cfDNA在体液中的含量非常低,通常血清中含量低于10ng/mL 如何从含量如此低的样本中,抽提出适合检测手段的游离核酸?

液体活检技术的兴起,使得游离核酸样本的数量大增,高通量形式的核酸抽提成为了工作者们的追求,如何低成本解决通量问题?

那就从下方的描述中找到适合您的游离核酸抽提方式吧。

市面上的游离核酸抽提试剂盒大多是基于柱膜法的原理、还有一部分是基于磁珠法的抽提原理。有单管离心、多管真空抽滤、96孔板真空抽滤、磁珠法高通量等形式。最常用的为多管真空抽滤的方式。

多管真空抽滤

采用真空抽滤的方法。

在真空抽滤装置上,可同时提取241-10mL血清、血浆、尿液等样本, 结合&洗涤过程无需使用离心机。大多客户用此方法来抽提2-4mL血浆,得到的游离核酸用于后续的PCRNGS、甲基化研究。整个抽提过程需要约45min-3h不等,具体的操作时间要根据使用的品牌来定。

NucleoSnap? DNA Plasma 仅需要45min 即可完成EDTA处理血浆游离核酸的抽提,是目前提取速度较快的游离核酸提取试剂盒。提取到的游离核酸可用于NGS, qPCR, ddPCR等检测手段。

 

单管离心

单管离心抽提游离核酸的方法一般适用于小体积血清或者血浆样本,通常样本体积范围在200uL-2mL。由于样本上样量少,游离核酸的得率也较多管真空抽滤的方式要低。此类方法得到的游离核酸一般用来进行PCRqPCR等分子检测。

PCR需要的模板量一般是很低的。常规的20-30uL洗脱体积,一般只用到10%。有没有一种方法可以让洗脱体积更小,单位体积里面浓缩更丰富的核酸?

NucleoSpin? Plasma XS应运而生,采用独特的设计,柱膜直径是普通柱膜的一半,仅需要240uL 血浆,5-20uL洗脱液,得到高浓度核酸,后续的QPCR检测灵敏度也更高。


洗脱体积的大小决定于柱膜直径!
    MN NucleoSpin? Plasma XS:

柱膜面积最小,仅5–20 μL洗脱体积就可以得到有效的游离核酸.
    Competitor Q (Q):
   
尽管此试剂盒适用于小样本量,但是没有针对此应用做专门的设计,洗脱体积至少 20–30 μL.


NucleoSpin? Plasma XS非常适合孕妇血浆中游离核酸检测。

 

谈论到单管离心的方式提取游离核酸,还要给大家介绍一款产品Covaris truXTRAC? cfDNA

Covaris truXTRAC? cfDNA提取试剂盒配合Covaris自动聚焦超声技术(Adaptive Focused Acoustics,AFA) ,主动解交联提取cfDNA,相比传统方法,cfDNA提取的得率、质量和复杂度都得到显著提高,更少的血液量即可满足下游检测分析需求。同时除提取单核小体凋亡cfDNA外,还可获取血液中少量存在的核小体二聚体、三聚体cfDNA和非凋亡长片段cfDNA,帮助后续研究获取更多疾病相关信息!

 

96孔板真空抽滤

采用柱膜法原理抽提游离核酸,一次可以抽提96个样本,极大的方便了样本量较多的客户。

此类产品一般只适用2mL血浆、血清等样品,提取到的游离核酸可用于NGS, qPCR, ddPCR等检测手段。


NucleoVac 96 Vacuum Manifold

此类提取方法的代表试剂盒就是NucleoSpin? 96 DNA Plasma。此试剂盒可以在真空抽滤的自动化核酸抽提平台使用,比如:Eppendorf


也可以在真空抽滤装置NucleoVac 96 Vacuum Manifold 上使用,

此类方法可以极大的节省购买仪器的费用。

 

磁珠法高通量

磁珠法是最容易实现自动化通量抽提的一种核酸抽提方式,可处理1-10mL血浆样品,形式也更灵活。提取到的游离核酸可用于NGS, qPCR, ddPCR等检测手段。

磁珠法得率的高低主要取决于试剂盒中磁珠的类型。NucleoMag? DNA Plasma采用MN 磁珠- 超顺磁性。超顺磁性代表磁珠可以被磁场吸附,但是自身不会被磁化,不会聚集在一起,很容易在溶液中被悬浮;磁珠直径 1–3 μm,能够保证沉降时间,更有利于HTP处理方式,此外小珠有更大的聚集表面积,这也是磁珠拥有最大结合能力所必须的。

 

以上内容涉猎的cfDNA抽提方法,基因有限公司都可以提供。

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